中國(guó)科學(xué)院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中國(guó)科學(xué)院在西北地區(qū)建立的第一個(gè)科研機(jī)構(gòu)。1987年由中國(guó)科學(xué)院和水利部雙重管理，1995年經(jīng)國(guó)家批準(zhǔn)確定現(xiàn)所名。1998年被中國(guó)科學(xué)院列入國(guó)家知識(shí)創(chuàng)新工程首批試點(diǎn)單位。1999年根據(jù)國(guó)務(wù)院文件參與共建“西北農(nóng)林科技大學(xué)”。2001年中國(guó)科學(xué)院與教育部聯(lián)合共建“水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”，作為知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)單位繼續(xù)納入中國(guó)科學(xué)院研究機(jī)構(gòu)序列。
　　
水土保持研究所以黃土高原為重點(diǎn)，面向全國(guó)，針對(duì)水土流失區(qū)資源環(huán)境與可持續(xù)發(fā)展的重大理論與關(guān)鍵技術(shù)問(wèn)題開(kāi)展研究，為國(guó)家水土保持與生態(tài)建設(shè)宏觀決策提供理論依據(jù)、配套技術(shù)和實(shí)體樣板；形成了以水土保持為主導(dǎo)學(xué)科，以土壤學(xué)、生態(tài)學(xué)和農(nóng)業(yè)工程學(xué)有關(guān)領(lǐng)域?yàn)橹�撐的總體學(xué)科框架；確立了在國(guó)家水土保持科技方面的中心地位，發(fā)揮了在水土保持科技發(fā)展方面的引領(lǐng)作用。

設(shè)有黃土高原土壤侵蝕與旱地農(nóng)業(yè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家節(jié)水灌溉楊凌工程技術(shù)研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術(shù)研究中心、流域生態(tài)與管理研究室、區(qū)域水土保持與環(huán)境研究室、林草生態(tài)研究室等6個(gè)研究單元。在黃土高原不同類型區(qū)建有安塞水土保持綜合試驗(yàn)站、長(zhǎng)武黃土高原農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗(yàn)站、固原生態(tài)試驗(yàn)站、神木侵蝕與環(huán)境試驗(yàn)站等野外站。建有人工模擬降雨大廳和人工干旱環(huán)境氣候室等重要科研實(shí)驗(yàn)設(shè)施，形成了集應(yīng)用基礎(chǔ)研究、試驗(yàn)與示范、決策服務(wù)于一體的水土保持科研體系。

全所現(xiàn)有職工220人，其中中國(guó)科學(xué)院和中國(guó)工程院院士各1人，正高級(jí)職稱50人。擁有土壤學(xué)、生態(tài)學(xué)、水土保持與荒漠化防治3個(gè)博、碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，設(shè)立農(nóng)業(yè)資源綜合利用博士后流動(dòng)站。現(xiàn)有在學(xué)研究生130余人。
　　
水土保持研究所以“團(tuán)結(jié)、敬業(yè)、求實(shí)、創(chuàng)新”為所風(fēng)，凝練出以“樸實(shí)厚重，無(wú)私奉獻(xiàn)”為內(nèi)涵的“黃土精神”，形成了良好的創(chuàng)新文化氛圍，為創(chuàng)新跨越、持續(xù)發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。